什麼是測序覆蓋率,什麼是覆蓋率?

2021-03-19 18:18:58 字數 1704 閱讀 6523

1樓:美吉生物

覆蓋度是指測序獲得的序列佔整個基因組的比例。由於基因組中的高gc、重複序列等複雜

結構的存在,測序最終拼接組裝獲得的序列往往無法覆蓋有所的區域,這部分沒有獲得的區域就稱為gap。例如一個細菌基因組測序,覆蓋度是98%,那麼還有2%的序列區域是沒有通過測序獲得的。

2樓:匿名使用者

這個你可以直接打**給你測序的公司,讓他們給你解釋!

高通量基因組測序中,什麼是測序深度和覆蓋度

3樓:匿名使用者

可以簡單理解為深度是一條鏈上一個鹼基檢測到的次數,

覆蓋度是你檢測到的這個樣本的總鹼基數的百分比

高通量基因組測序中,什麼是測序深度和覆蓋

4樓:匿名使用者

簡潔版:

深度即:測序得到的總鹼基數/基因組鹼基數 。也可以理解為將基因組測了幾遍。

測序深度能減少假陽性和測序錯誤率。                        覆蓋度原來是指基因/轉錄組上測序測到的部分佔整個組的比例,但是現在很多人把coverage也直接當depth用了。

詳細版:                                     depth嘛,就是被測基因組上單個鹼基被測序的平均次數,比如某樣本的測序深度為30x,那麼就是說該樣本的基因組上每一個單鹼基平均被測序(或者說讀取)了30次,注意,是平均。當然了,depth也有最大和最小值,這個都可以由資訊分析得到。

coverage就好理解了,由於大片段拼接的gap、測序讀長有限、重複序列等問題的存在,測序分析後組裝得到的基因組序列通常無法完全覆蓋所有區域,覆蓋度就是最終得到的結果佔整個基因組的比例。例如一個人的基因組測序,覆蓋度為98.5%,那麼說明該基因組還有1.

5%的區域通過我們的組裝和分析無法得到。

至於什麼演算法之類的,太深了,應該不用瞭解吧~~偶也寫不出來。。。:p

當然,轉錄組也同上,

5樓:豆穎環力學

可以簡單理解為深度是一條鏈上一個鹼基檢測到的次數,

覆蓋度是你檢測到的這個樣本的總鹼基數的百分比

solexa測序時的測序深度和覆蓋度是怎麼理解,怎麼區別的

6樓:匿名使用者

測序深度可以理解為對一段序列上的區域重複檢測的次數,比如一個序列被上某個片段被檢測了30次就是30x,深度越大,越準確,覆蓋度就是對你的目的基因所覆蓋的程度,比如你的序列是有30bp但是由於測序的時候某些區域沒有測到,只測到了27bp大小片段,那就是27/30等於90%

7樓:滑麗堵開

測序深度(sequencing

depth):測序得到的鹼基總量(bp)與基因組大小(genome)的比值,它是評價測序量的指標之一。測序深度與基因組覆蓋度之間是一個正相關的關係,測序帶來的錯誤率或假陽性結果會隨著測序深度的提升而下降。

重測序的個體,如果採用的是雙末端或mate-pair方案,當測序深度在10~15x以上時,基因組覆蓋度和測序錯誤率控制均得以保證。

什麼是覆蓋率?

8樓:秦麻海

覆蓋率是度量測試完整性的一個手段,是測試有效性的一個度量。

9樓:天蠍開始的命運

佔有的一部分比上總共的

什麼覆蓋率,什麼是覆蓋率?

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