1樓：
怎麼抄找樓上說了，我說補充襲
問題。你有兩種發法
bai，du1是直接在blast的結果下面就能看zhi到dao
kegg分析的時候，通路富集到的基因只有2個，結果可靠麼
2樓：匿名使用者
代謝通路：目前在通路資料庫(pathway database) 中代謝通路是建立得最好的，有大約90個參考代謝途徑的圖形。每個參考代謝途徑是一個由酶或ec號組成的網路。
利用如下方法可通過計算機構建出生物體特有 的代謝通路：
先根據基因的序列相似性和位置相關性確定基因組中酶的基因。
然後合理地安排ec號。
最後將基因組中的基因和參照通路中用ec號編號的基因產物 結合起來。
轉錄組測序得資料怎麼判斷kegg富集顯著性
3樓：匿名使用者
轉錄組bai測序得資料怎麼判斷dukegg富集顯著性
提取樣zhi品總rna後，用帶有oligo（dt）的磁dao珠富集真核生版物mrna（若為原核生物，則用權試劑盒去除rrna後進入下一步）。加入fragmentation buffer將mrna打斷成短片段，以mrna為模板，用六鹼基隨機引物（random hexamers）合成第一條cdna鏈，然後加入緩衝液、dntps、rnase h和dna polymerase i合成第二條cdna鏈，在經過qiaquick pcr試劑盒純化並加eb緩衝液洗脫之後做末端修復、加a並連線測序接頭，然後用瓊脂糖凝膠電泳進行片段大小選擇，最後進行pcr擴增，建好的測序文庫用illumina hiseq? 2000進行測序。
什麼是go富集分析，常說的go功能分析、功能分析、pathway分析是什麼意思？
4樓：
gene ontology可分為分子功能（molecular function），生物過程（biological process）和細胞組成（cellular component）三個部分。蛋白質或者基因可以通過id對應或者序列註釋的方法找到與之對應的go號，而go號可對於到term，即功能類別或者細胞定位。
功能富集分析: 功能富集需要有一個參考資料集，通過該項分析可以找出在統計上顯著富集的go term。該功能或者定位有可能與研究的目前有關。
go功能分類是在某一功能層次上統計蛋白或者基因的數目或組成，往往是在go的第二層次。此外也有研究都挑選一些term，而後統計直接對應到該term的基因或蛋白數。結果一般以柱狀圖或者餅圖表示。
1.go分析
根據挑選出的差異基因，計算這些差異基因同go 分類中某（幾）個特定的分支的超幾何分佈關係，go 分析會對每個有差異基因存在的go 返回一個p-value，小的p 值表示差異基因在該go 中出現了富集。
go 分析對實驗結果有提示的作用，通過差異基因的go 分析，可以找到富集差異基因的go分類條目，尋找不同樣品的差異基因可能和哪些基因功能的改變有關。
2.pathway分析
根據挑選出的差異基因，計算這些差異基因同pathway 的超幾何分佈關係，pathway 分析會對每個有差異基因存在的pathway 返回一個p-value，小的p 值表示差異基因在該pathway 中出現了富集。
pathway 分析對實驗結果有提示的作用，通過差異基因的pathway 分析，可以找到富集差異基因的pathway 條目，尋找不同樣品的差異基因可能和哪些細胞通路的改變有關。與go 分析不同，pathway 分析的結果更顯得間接，這是因為，pathway 是蛋白質之間的相互作用，pathway 的變化可以由參與這條pathway 途徑的蛋白的表達量或者蛋白的活性改變而引起。而通過晶片結果得到的是編碼這些蛋白質的mrna 表達量的變化。
從mrna 到蛋白表達還要經過microrna 調控，翻譯調控，翻譯後修飾（如糖基化，磷酸化），蛋白運輸等一系列的調控過程，mrna 表達量和蛋白表達量之間往往不具有線性關係，因此mrna 的改變不一定意味著蛋白表達量的改變。同時也應注意到，在某些pathway 中，如egf/egfr 通路，細胞可以在維持蛋白量不變的情況下，通過蛋白磷酸化程度的改變（調節蛋白的活性）來調節這條通路。所以晶片資料pathway 分析的結果需要有後期蛋白質功能實驗的支援，如western blot/elisa，ihc（免疫組化），over expression（過表達），rnai（rna 干擾），knockout（基因敲除），trans gene**基因）等。
3.基因網路分析
目的：根據文獻，資料庫和已知的pathway 尋找基因編碼的蛋白之間的相互關係(不超過1000 個基因)。
生物資訊學問題：已知一系列ko號，如何進行kegg富集分析呢？ 10
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