請問生物測序中的de novo genome assembly是什麼意思?還有coverage

2021-08-09 21:13:25 字數 1953 閱讀 4841

1樓:公冶輝

樓下回答了一些,我儘自己知道的補充一點。

denovo字面意思是全新,專業一點就是從頭測序。詳細點就是對未知基因組序列進行測序,利用生物資訊學分析手段,對序列進行拼接、組裝,從而獲得其基因組的圖譜。

另外,你追問的問題,其實有些人會混淆兩個概念:測序的覆蓋度(coverage)和測序的深度(depth)。對於coverage,由於大片段拼接的gap(空白或者缺口)、測序讀長有限、重複序列等問題的存在,測序分析後組裝得到的基因組序列通常無法完全覆蓋所有區域,覆蓋度就是最終得到的結果佔整個基因組的比例。

例如一個人的基因組測序,覆蓋度為98.5%,那麼說明該基因組還有1.5%的區域通過我們的組裝和分析無法得到;對於depth,就是被測基因組上單個鹼基被測序的平均次數,比如某樣本的測序深度為30x,那麼就是說該樣本的基因組上每一個單鹼基平均被測序(或者說讀取)了30次,注意,是平均。

當然了,depth也有最大和最小值,這個都可以由資訊分析得到。其實也就是為了提高準確率什麼的,一般15x就差不多了。

就這些了,希望能幫到你。還有什麼,lz可以追問,呵呵

2樓:手機使用者

de novo 的意思是全新,assembly是序列拼接,所以就是在沒有參考序列的情況下進行序列拼接,不過呢,一般還是會比對一下近緣種,所以是個相對的概念,比如如果有了人類基因組作參考,那拼chimpanzee的就不是de novo,而算ab initio。 coverage可以直譯覆蓋率,所以在這裡可以理解成,你測到的和拼起來的,能夠cover(覆蓋)實際基因組的多少。

希望對你有幫助~

3樓:

這個就是dna測序啊,coverage在這大概是報道的意思

生物測序中的de novo genome assembly是什麼意思

4樓:修女的焦糖

de novo assembly是新的基因組裝配,(de novo 的意思是全新,assembly是序列拼接),即在沒有參考序列的情況下進行序列拼接,對未知基因組序列進行測序,利用生物資訊學分析手段,對序列進行拼接、組裝,從而獲得其基因組的圖譜。但這是個相對的概念,比如如果有了人類基因組作參考,那拼chimpanzee的就不是de novo,而算ab initio。

此外還會有人對測序的覆蓋度(coverage)和測序的深度(depth)概念混淆。

對於coverage,由於大片段拼接的gap(空白或者缺口)、測序讀長有限、重複序列等問題的存在,測序分析後組裝得到的基因組序列通常無法完全覆蓋所有區域,覆蓋度就是最終得到的結果佔整個基因組的比例。例如一個人的基因組測序,覆蓋度為98.5%,那麼說明該基因組還有1.

5%的區域通過我們的組裝和分析無法得到;

對於depth,就是被測基因組上單個鹼基被測序的平均次數,比如某樣本的測序深度為30x,那麼就是說該樣本的基因組上每一個單鹼基平均被測序(或者說讀取)了30次,注意,是平均。當然了,depth也有最大和最小值,這個都可以由資訊分析得到。其實也就是為了提高準確率什麼的,一般15x就差不多了。

5樓:匿名使用者

denovo字面意思是全新,專業一點就是從頭測序。詳細點就是對未知基因組序列進行測序,利用生物資訊學分析手段,對序列進行拼接、組裝,從而獲得其基因組的圖譜。

6樓:匿名使用者

de novo genome assembly從頭基因組集會

assembly

裝配雙語對照

詞典結果:

assembly

[英][əˈsembli][美][əˈsɛmbli]n.立法機構; 議會; 集會; 裝配;

複數:assemblies

.很高興為你解答!

如有不懂,請追問。 謝謝!

7樓:cathy西米露

是一個技術,重新收集定序然後做出dna碎片** (看第二幅圖)

我覺著這幾幅幅圖蠻清楚的

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